Wat ga je doen?
Als PhD-kandidaat binnen de afdelingen hematologie en reumatologie ontwikkel je AI-gestuurde bioinformatica-algoritmen die gebruikmaken van (bio/chemische) Language Models, Graph Neural Networks en Generatieve AI. Met deze algoritmen modelleer je antistof–antigeeninteracties, voorspel je autoantigeen-epitopen en genereer je sequentieproxies. De resultaten van je berekeningen vormen de basis voor het ontwerpen van CAAR-constructen, die vervolgens getest worden in cellulaire immunologische assays. De inzichten uit deze experimenten vloeien terug naar de algoritmen, waardoor iteratieve cycli ontstaan die gericht zijn op het optimaliseren van de effectiviteit van CAAR T-cellen. Dit project brengt computationele modellering en experimenteel onderzoek op unieke wijze samen.
jouw kerntaken zijn:
- Toepassen en herdefiniëren van state-of-the-art tools (zoals AlphaFold) om antistof–antigeencomplexen te voorspellen en te evalueren.
- Ontwikkelen van nieuwe AI-methoden voor epitoopherkenning en proxysequentiegeneratie.
- Prioriteren van computationeel ontworpen kandidaten voor experimentele testen, genereren van CAAR-constructen en uitvoeren van cellulaire immunologische assays.
- Verwerken van experimentele feedback om de prestaties van modellen iteratief te verbeteren.
- Stimuleren van methodologische ontwikkeling op het snijvlak van machine learning, structurele biologie en immunologie.
Deze positie, gefinancierd door ZonMw, maakt deel uit van een dynamisch netwerk van Nederlandse onderzoeksinstellingen, waaronder het LUMC, TU Delft en het Leiden Institute of Chemistry. Je onderzoek vindt plaats in nauwe samenwerking met de afdelingen Hematologie, Reumatologie en Humane Genetica van het LUMC en het Bioinformatics Lab van de TU Delft.
Waar ga je werken?
Je wordt aangesteld bij de afdelingen Hematologie en Reumatologie van het LUMC. De biologische experimenten vinden plaats binnen het LUMC en het computationele werk wordt uitgevoerd in het Bioinformatics Lab van de TU Delft, onderdeel van de afdeling Intelligent Systems (Computer Science).
Wat neem je mee?
Je bent een ambitieuze onderzoeker met een sterk analytisch denkvermogen en probleemoplossend vermogen. Je communiceert helder, werkt effectief samen in een interdisciplinair team en voelt je net zo goed thuis in zelfstandig werk als in samenwerking. Dankzij je uitstekende beheersing van de Engelse taal beweeg je je moeiteloos in een internationale academische omgeving.
verder heb je:
- Een masteropleiding in Computer Science, Bioinformatics of een gerelateerd vakgebied met een basis in biologie, of een masteropleiding in Biomedische Wetenschappen of een gerelateerd vakgebied met een basis in Computational Biology.
- Goede programmeervaardigheden in Python, met ervaring in machine learning frameworks (zoals Scikit-learn, TensorFlow, PyTorch) en eiwitmodelleertools (zoals Rosetta, SWISS-MODEL).
- Grondige kennis van celbiologie, met ervaring in immunologische assays en celkweek.
- Bekendheid met AlphaFold, generative modeling, proteïne-ontwerp en docking (sterke pré).
Wat bieden we jou?
Door gezondheid gedreven; dat is onze missie. Dit geldt uiteraard niet alleen voor onze patiënten maar ook voor onze medewerkers. We streven naar een veilige, inclusieve en gelijkwaardige werkomgeving waarin talentontwikkeling en verbindend leiderschap centraal staan. Om te kunnen blijven leren en ontwikkelen bieden wij interne opleidingen en bijscholing aan. Daarnaast heb je recht op een eindejaarsuitkering (8,3%), vakantiegeld, fietsregeling, sportbudget, thuiswerkvergoeding en een uitstekende reiskostenregeling voor woon-werkverkeer. Ook ben je als medewerker van het LUMC aangesloten bij het ABP pensioenfonds. Dit betekent dat maar liefst 70% van je pensioenpremie betaald wordt door het LUMC en je daardoor netto meer salaris over houdt. Wel zo fijn!
Waar staan wij voor?
Als academisch medisch centrum streeft het LUMC naar een medewerkersbestand dat een goede afspiegeling is van de samenleving. Wij zetten ons in voor de hoogste kwaliteit op het gebied van gezondheidszorg, onderwijs en (internationaal) onderzoek, waarbij diverse perspectieven van cruciaal belang zijn. Duurzaamheid staat bij ons ook hoog in het vaandel: we zetten ons in voor een gezonde toekomst, niet alleen voor mensen, maar ook voor de planeet. In lijn met deze waarden willen we een creatieve en inspirerende werkplek zijn, waar het voor ons van essentieel belang is dat iedereen zich thuis, veilig en erkend voelt. Bij ons draait het om wie je bent en wat je bijdraagt, ongeacht je achtergrond. Samen werken wij aan een duurzame en inclusieve toekomst, zowel voor de mensen om ons heen als voor de wereld waarin we leven. Samen zijn wij LUMC.
De Technische Universiteit Delft is gebouwd op sterke fundamenten. Als makers van de wereldberoemde Nederlandse waterwerken en pioniers in de biotechnologie is de TU Delft een internationale topuniversiteit die wetenschap, techniek en design combineert. De universiteit levert onderwijs, onderzoek en innovatie van wereldklasse om uitdagingen op het gebied van energie, klimaat, mobiliteit, gezondheid en de digitale samenleving aan te pakken. Al generaties lang hebben onze ingenieurs bewezen ondernemende probleemoplossers te zijn, zowel in het bedrijfsleven als in een maatschappelijke context.
Bij de TU Delft omarmen we diversiteit als een van onze kernwaarden en zetten we ons actief in om een universiteit te zijn waar je je thuis voelt en je kunt ontplooien. We hechten waarde aan verschillende perspectieven en kwaliteiten, omdat we geloven dat dit ons werk innovatiever maakt, de TU Delft-gemeenschap levendiger en de wereld rechtvaardiger. Samen bedenken, ontwikkelen en creëren we oplossingen met behulp van technologie om wereldwijd een positieve impact te maken.
Meer informatie
- Als gedreven PhD-kandidaat bedraagt je salaris minimaal € 3.108,- en maximaal € 3.939,- bruto per maand (schaal Pro, CAO UMC). Deze bedragen zijn op basis van een fulltime dienstverband.
- De sollicitatieprocedure zal bestaan uit sollicitatiegesprekken met P.I.’s van LUMC en Delft en het geven van een presentatie.
- Het dienstverband gaat zo snel mogelijk van start en heeft een maximale duur van vier jaar.
- Het geven van een presentatie maakt deel uit van de sollicitatieprocedure.
- Voor deze vacature kunnen referenties worden opgevraagd.
- Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld.
